所謂脊髓損傷是指急性外傷性傷害侵及脊髓與神經，造成運動、感覺及大小便功能失常。
創傷後，周圍神經系統將信號傳導到四肢，軀幹和身體的其他部分，其神經細胞或神經元可以自身修復，但是中樞神經系統無法再生。

脊髓損傷的治療，利用間質幹細胞特有的免疫調節與細胞分化的能力，保護神經元凋亡，同時誘導神經細胞的增生，有機會使斷裂的神經傳導恢復。

惡性腦瘤，因腫瘤細胞會浸潤侵襲周圍之腦組織，與正常腦組織之分界模糊，故開刀不易完全切除，而需要放射線治療。除非腦瘤相當惡性或有可能隨著腦脊髓液擴散，一般皆僅需要局部照射。

長弘生物科技公司與花蓮慈濟醫院簽署合作意向書，並委託花蓮慈濟醫院執行「以標靶新藥Cerebraca® wafer合併Temozolomide (TMZ)治療惡性腦瘤之第I/IIa期人體臨床試驗」，測試新藥用在人體的安全性及有效性，而花蓮慈濟醫院也完成全球首例「以標靶新藥 Cerebraca® wafer治療惡性腦瘤之第I/IIa期人體臨床試驗」個案，手術順利成功，病人於術後兩日轉出加護病房，並於一周後順利出院。

花蓮慈濟醫院與三顧初步合作，藉由慈濟骨髓幹細胞中心及骨髓移植核心實驗室的經驗，協助收集免疫細胞，並將朝建置臺灣免疫細胞資料庫發展。

骨髓幹細胞移植是透過靜脈注射正常骨髓細胞至白血病或再生不良性貧血等血液難病患者的治療。
免疫細胞治療是指通過誘導、增強或抑制免疫反應的疾病治療方法。
溶瘤病毒治療是一種利用病毒選擇性地破壞癌細胞的技術，可用於對抗癌症、基因療法，或免疫療法等。

微創手術是一種主要透過內視鏡及各種顯像技術而使外科醫師在無需對患者造成巨大傷口的情況下施行手術。

微創心臟手術不但可降低傷口感染、減少出血量、減少疼痛，以及能降低週遭組織傷害，患者預後效果佳。

冠狀動脈心導管支架是一種置於冠狀動脈中的支架，可以為心臟提供血液，支架的目的是使動脈保持暢通。針對嚴重鈣化血管，透過冠狀動脈高速鑽頭研磨術，利用鑽石磨頭以每分鐘約15 到 18 萬轉的高轉速，磨掉血管壁最硬的地方，同時避開柔軟的血管壁。當血管硬化阻塞病灶磨通後，接著再用氣球撐開放入支架，治療的成功率均達九成五以上。

以臺灣先進的醫療科技與成熟的中醫及中醫藥項目來看，整合起來具有發展中西醫合療的優勢。花蓮慈院副院長何宗融表示，近兩年來繼中西醫整合門診、急診中西醫整合醫療、中西醫合療病房，到如今的中醫病房啟用，就是希望能讓病人能及時接受到適當的醫療處置。現在民眾可以透過中醫門診評估，由門診中醫師建議是否收治住院，住院後會有相關科別的西醫協同為病患進行治療計畫。

不論是急重症還是慢性疾病，都可應用中西醫合療，以中西醫合療的方式，在達到療效的同時，也減輕傳統治療可能帶來的副作用。透過慈濟醫院與國家中醫藥研究所合作，建置醫學平台，交流雙方研究成果，加速案例的累積，整合中西醫的優點，幫助更多需要的病人找回健康。

針對現行微創手術方式的缺點做改良，以追求更佳的手術預後，其一是手術後檢體取出法，微創手術因為傷口小恢復快，但也限制了檢體取出的空間，過去在腹腔內使用碎瘤機有散布潛在惡性子宮肉瘤的疑慮，或是造成寄生性肌瘤、內膜異位症、腹膜炎、臟器受傷等併發症。
花蓮慈濟醫院微創手術團隊結合裝袋的方式和人工切條的優點，利用組織袋發展出「裝袋下人工切條法（Contained Manual Morcellation，CMM）」，將檢體在腹腔內裝袋後，將袋口經牽開器傷口拉出，透過人工切條的方式取出檢體，相對於傳統腹腔鏡碎瘤機，CMM讓檢體所有碎片和組織液皆留在袋內，可以避免檢體碎片遺留在腹腔內，造成潛在癌細胞擴散或者醫源性寄生性肌瘤等問題，因此對病人更加安全。

生殖醫學是醫學中的分科，進行生育相關疾護的預防、診斷以及治療，其目的是為了維護人們的生殖健康，讓人們依他們選擇的階段生育小孩。
生殖醫學的範圍包括性教育、青春期、家庭計劃、生育控制、不孕、生殖系統疾病（包括性傳染病）及性功能障礙。對女性而言，生殖醫學也包括月經、排卵、妊娠及更年期，以及其他會影響生育的婦科疾病。

膝軟骨細胞層片技術治療軟骨缺損受損部位，先是軟骨組織採集、軟骨細胞層片的培養，再來是受損軟骨組織修復，必要時合併矯正手術。
膝蓋軟骨層片技術可誘導自體軟骨細胞新生，使受損之關節軟骨組織復原且無需承擔傳統關節置換可能產生的副作用，更重要保持原有膝蓋及骨頭的完整度進而治療關節損傷，與傳統醫療技術相較下，更能顯著提升生活品質。

再生醫學核心為組織工程，其三項核心包括：材料(營養、支架、基質)、細胞與生長因子(細胞因子、賀爾蒙、訊息)，可促進自體組織再生。
再生醫學是製作具有功能與生命性之身體器官組織，用於修復或是替換身體內，因為老化、生病、受損所造成之不健康的器官與組織。或是以其他的方式，來刺激體內組織或是器官再生之方法。通常在這領域的工作者，會在實驗室中，培養身體內的組織或是器官後，用安全性地移植方式，移植至病患身體中。因此，再生醫學的目的在於解決器官捐贈者不足的問題。
結合產、研、醫的共同開發，不只可以讓醫療、研究人員以品質穩定的幹細胞進行研發，且讓病人享受到規模化生產所帶來的合理費用，是再生醫學上的重大突破。

膀胱位於下腹部的骨盆腔內，是一個儲存尿液的器官，上面銜接由腎臟流下來的尿液，像水庫一樣，到達一個臨界點便會讓大腦發出命令來排尿。

泌尿科的常見疾病有尿道感染、膀胱炎、尿失禁、前列腺增生、前列腺炎、尿瀦留，和腎臟的尿蛋白、腎結石，嚴重的會出現腎衰竭。不同的膀胱疾病也有相對應不同的檢查及診斷方式。

花蓮慈院泌尿部有一般泌尿科、婦女泌尿科、泌尿腫瘤科、內視鏡泌尿科、成人泌尿科、兒童泌尿科等，舉凡尿失禁、排尿障礙、尿路結石或感染、前列腺肥大、疝氣、腫瘤、男性不孕症、腎臟移植……等，以及先進的腹腔鏡手術、達文西手術等，全方位的照護鄉親泌尿系統的健康。

乳癌是女性發生率最高的癌症，每年新診斷的人數一直在上升，且罹癌年齡年輕化的趨勢。
乳房腫塊是在乳房上和周圍其他乳房組織不同的腫起物。乳房醫學中心引進多種尖端影像檢查儀器，以精準醫療提供最佳的篩檢與診斷，且跨領域整合醫療團隊提供優質醫療品質，降低檢查的不適感，提高就診率，進而早期診斷治療。

花蓮慈院乳房醫學中心結合了乳房外科、整形暨重建外科、腫瘤內科、放射腫瘤科、放射科、核子醫學科、病理科、身心醫學科、中醫科、復健科及營養科團隊，整合為乳房醫療團隊，提供有需要民眾醫療照護。

重粒子癌症治療是一種先進的放射治療，不同於傳統放射治療採用高能量X光或電子束，將碳原子游離成碳離子，利用同步加速器將粒子加速至光速的百分之七十，再針對癌症病灶進行照射，以進行癌症治療的方法。

以往傳統的放射治療，在照射惡性腫瘤的同時，也會對周圍的正常組織造成傷害，導致短期甚至永久的治療後遺症。在物理學家們的努力下，發現了重粒子射束的獨特性，可以只在特定的治療深度才將能量作完全釋放，可以準確摧毀惡性腫瘤，卻大幅降低周圍正常組織的傷害，讓以往傳統放射治療的副作用，幾乎絕跡。